ハギさん、こんにちは。
副作用についてはGIST研究会のサイトにも解説がありますのでご覧下さい。
http://www.gist.jp/point/07.html
浮腫みは普段の食事の塩分を減らし、利尿剤やステロイドの使用で、軽減できる場合が多いようです。
腎機能の低下については医師の判断になると思いますが、あまり辛いようならやはり休薬して回復を図る事になると思います。数値が改善されましたら、少し少ない服用量から再開し、様子を見ながら量を増やしていくというのが一般的のようですが、再度副作用が辛いようなら、少ない服用量のまましばらく続けてみて、効果があるようならばそのままの量で継続している方もおられます。
グリベックはGISTに対してある程度の効果が期待できる薬ですので、なんとか飲み続けられる方法を考える事だと思います。主治医とよく話し合って進めていってください。